Основными задачами Отдела являются:

1. Оказание высококвалифицированной помощи детям в условиях стационара, амбулаторно! а также по месту жительства пациента.
2. Проведение реабилитационных мероприятий детям с тяжелой перинатальной патологией, а также перенесших хирургическое лечение.
3. Проведение научной работы, конечной целью, которой является разработка новых подходов в диагностике и терапии различных патологических состояний у детей.
4. Проведение учебно-методической работы, включающей обучение ординаторов и аспирантов, врачей на рабочем месте, разработку учебно-методических пособий и клинических рекомендаций, участие в циклах повышения квалификации врачей, работе симуляционно-тренингового центра, конференциях, семинарах и школах, разработку обучающих программ для родителей, а также работу с регионами.